郑州高新区财政金融部设置科室数量为9个，分别为：办公室、预算科、国库科、债务管理办公室、投资评审科（工程审核办、政府采购办）、经济发展科（税源管理办公室）、国有资产监督管理科、国库支付中心、审计中心。

办公室：负责机关日常事务的协调和办理工作；公文处理、机要保密、印章管理、档案管理、值班应急；活动组织、机关考勤、人员培训、外出考察学习、绩效考核、离退休人员管理等人事工作；对外新闻宣传工作，做好信息报送和舆情搜集等工作；公务接待和后勤管理工作；政务公开、本部门工会工作。承担部门有关规范性文件的合法性审核；开展法制宣传教育；负责行政复议、行政诉讼相关工作；负责本部门的投诉处理、信访工作；承担或参与有关案件核审、听证工作。

预算科：负责执行预算管理和财政总预算会计制度；负责编制高新区年度财政预算；负责对财政预算执行情况进行调研、分析，进行财力测算；项目经费支出的管理工作，并监督使用情况及支付进度；负责对办事处财政预决算管理进行指导；负责预算绩效管理工作；负责高新区政府性引导性基金、产业基金等基金体系建设工作。

国库科：负责承担区级财政性资金集中收付、调度工作；办理预算单位用款计划审批和财政国库资金拨付业务；负责公共财政收入预算、基金预算及专项、专户资金的核算工作，保证各项资金安全；负责对虚增、虚减财政收支、截留、挪用财政资金和擅自开设账户等违法行为进行处罚；负责各机构决算审核工作、年度财政决算；监督管理区级财政资金账户和高新区行政事业单位银行账户；编制区本级社会保障资金预算和决算工作

债务管理办公室：制定促进高新区投融资服务体系建设的扶持政策；分解落实相关单位的融资工作任务和目标；负责政府债务政策研究、测算、统计、分析、风险把控等工作；负责新型城镇化建设资金和土地收支的管理工作；组织建立台账和定期汇总上报政府专项债项目推进进度。

投资评审科（工程审核办、政府采购办）：编制高新区本级行政事业单位年度政府采购预算；政府采购工作检查；接受和处理相关的投诉事宜；负责做好内部采购程序、廉政建设有关制度的制定和执行工作；组织实施财政投资建设项目预（概）算、结算、竣工决算及招标工程标底的审查工作；负责高新区造价咨询市场的中介机构定点采购和管理；负责土地及附属物补偿的审核工作；负责工程进度款项审核工作；承担政府购买服务政策研究、风险把控工作。

经济发展科（税源管理办公室）：负责高新区非税收入的征收、入库和监管工作；管理高新区政府性基金和行政事业性收费票据，检查指导票据的使用；负责高新区综合治税系统的建设工作，开展税收专项检查和专项治理工作；指导高新区重大税源调查分析工作；承担高新区招商引资、项目建设等业务有关财政政策研究、成本测算、收益分析、风险把控；组织企业报表统计上报工作；负责企业奖补资金审核工作。

国有资产监督管理科：负责高新区国有资产的管理工作；负责出资企业管理者的选择与考核；负责国有企业资产权属的界定、登记、转让等有关管理工作；对擅自占有、使用、处置国有资产的行为进行处罚；参与国有企业的改制、拍卖、兼并、租赁等有关政策的研究制定和实施；负责区属国有企业财务总监的管理工作；指导和监督区属国有企业财务管理。

国库支付中心：组织实施高新区国库管理制度；监控财政性资金集中支付流程，规范行政事业单位财务信息集中监管；指导基层财政开展总预算会计工作和国库集中支付工作；对违规收纳、划分、留解、退付国库库款或者财政专户资金的行为进行处罚；负责高新区各预算单位的经费核算、工资类别核算工作；负责对教育系统支出及工作人员支出的审核工作；负责各类社会保障资金的管理和监督；负责管理社会保障相关的各项事业经费；负责高新区工资统发和社保、医保、职业年金汇缴的监督工作；负责三公经费的核算和管理工作；负责机关财务管理；负责机关财务管理工作。承担本部门年度预算、年度决算和各专项决算、各类财务相关报表、员工月度工资发放表的编制和上报工作；现金、银行账、各类原始凭证及单据的审核工作；记账凭证、明细账总账、支出、费用等核算工作；配合各专题审计和年终财务审计工作。

审计中心：负责审计政府投资项目；负责审计高新区管委会财政预算、决算及其他财政收支情况；负责审计财政预算单位的财务收支；负责审计国有资本经营预算的执行情况和属于监督对象的国家出资企业；开展专项资金审计和相关专项审计调查；督促被审计单位落实审计建议、执行审计决定；对外公告审计结果；办理审计移送和申请法院强制执行事项；指导高新区被审计单位的审计执行工作。