经济发展部是高新区经济发展和科技创新的牵总统筹部门，主要负责经济运行、科技创新、产业培育、项目建设、企业服务、企业上市、金融监管、经济统计、自创区建设等工作，对口郑州市发展改革委、科技局、统计局、工信局、金融局等市直部门。

经济发展部下设12个科室及3个园区运营中心，分别为：办公室、发展规划和经济运行科、重点项目管理办公室、科技办公室（科学技术协会）、统计办公室、工业和信息化办公室、数据管理科、火炬统计和自创办公室、协同创新办公室、知识产权管理科、金融工作办公室、行政审批和服务科。另设枫杨园区运营中心、梧桐园区运营中心、双桥园区运营中心。