人大工作办公室：负责人大代表联络工作。

文秘科：负责领导同志活动安排；负责党工委、管委会会议的准备、组织工作，协调督促会议及主要领导决定事项的实施。

综合科（外事侨务科、台湾工作办公室）：负责综合管理部日常事务工作，负责台港澳事务工作，牵头负责因公出国（境）管理等外事工作。

信息综合科：负责综合材料的起草、工作信息的收集编写报送。

机要保密文电科（国安办）：负责机关的机要保密文电工作，负责国家安全工作。

督查考核科：负责督查督办和绩效考核工作。

司法行政科（行政复议办公室）：负责司法行政、权责清单有关工作，政府信息公开工作。

档案科（史志办、档案馆）：负责党工委、管委会综合档案管理工作，党史、大事记、年鉴编纂工作。

总值班室：负责管委会值班管理工作；负责市长电话和管委会政务服务热线电话工作。

机关事务管理科（接待科）：负责管委会公务接待、固定资产管理、公共机构节能等机关事务管理工作。

政策研究室（改革办）：负责政策研究、深化改革工作。